La respiración zen tiene un papel principal, no es comparable a ninguna otra. Tiende sobre todo a establecer un ritmo lento, poderoso y natural, basado en la expiración. Esta debe ser tranquila, larga y profunda, ejerciendo sobre los intestinos un empuje hacia abajo. La inspiración viene a continuación automáticamente al estar los pulmones vacíos. La concentración sobre la expiración desarrolla una gran energía en la cintura, los riñones, y la cadera. El centro de la energía no está en la cabeza o en el corazón, sino en el hara, o kikai tanden “océano de la energía”, centro vital situado bajo el ombligo.

Por la practica de zazen, ésta respiración, poco a poco, se vuelve un hábito en la vida cotidiana y también durante el sueño. Se puede recurrir a ella en momentos difíciles para controlar las emociones y tranquilizar el espíritu.